La taxonomie des tramètes (Trametes) et de polypores apparentés : un seul genre ou beaucoup trop de genres?

La taxonomie des tramètes (Trametes) et de polypores apparentés : un seul genre ou beaucoup trop de genres?

Classé dans : Taxonomie-Systématique | 2

 

 

par Alfredo Justo

Faculté de biologie, Université Clark, 950, Main St., Worcester (Massachusetts), États-Unis 01610.

Justo, A. (2014). The Taxonomy of Turkey Tails (Trametes) and Related Polypores: One Genus or Too Many? The Mycophile 54, 8–10.

Traduit de l’anglais par Michèle Ledecq.

Cette traduction a été publiée initialement dans le numéro de décembre 2014 de la revue Le Mycologue, le bulletin du Cercle des mycologues de Montréal

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Fig. 1. (Photo à la Une) Trametes versicolor / Tramète versicolore
PHOTO : Gwenaël Cartier

Les Tramètes versicolores comptent parmi les champignons macroscopiques les plus courants et les plus répandus dans les forêts tempérées et boréales qui nous environnent (Fig. 1). Pour la plupart, les mycologues ont classé cette espèce dans le genre Trametes Fr., sous le nom scientifique Trametes versicolor (L. Fr.) Lloyd, ce qui veut dire en gros « mince (Trametes) et très coloré (versicolor) ». En 1886, prenant note de certaines différences morphologiques, le mycologue français Lucien Quélet plaça T. versicolor et certaines espèces similaires dans un genre à part qu’il nomma Coriolus ; on peut encore voir de nos jours le nom Coriolus versicolor utilisé dans de nombreuses publications et dans des sites Internet. Coriolus n’est qu’un des nombreux noms de genre qui a été utilisé comme synomyme de remplacement de Trametes ou considéré comme un genre distinct en fonction de certains caractères morphologiques. La liste des genres « tramétoïdes » inclut des noms très familiers tels que Lenzites Fr. ou Pycnoporus P. Karst., et aussi des noms moins connus (mais néanmoins valables et utilisables) comme Pseudotrametes Singer ou Cubamyces Murrill.

Dans le cadre du projet PolyPEET, nous avons entrepris d’étudier la taxonomie et la nomenclature du genre Trametes et des genres apparentés. Un des volets importants de notre étude consistait à obtenir des séquences d’ADN à partir d’un large ensemble d’espèces afin de tirer au clair les rapports évolutifs existant entre les Polypores tramétoïdes. Grâce aux données sur l’ADN, nous avons pu élaborer des arbres phylogénétiques qui établissent dans quelle mesure les espèces tramétoïdes sont apparentées les unes aux autres, soit en quelque sorte un « arbre généalogique » de nos espèces.

Lorsqu’on tente de faire de la taxonomie en se basant sur la phylogénie, il est très important d’inclure l’« espèce type» du genre à l’étude. L’espèce type est celle qui a été nommée par la personne qui a décrit le genre (ou par un autre mycologue à une époque ultérieure) et qui est associée de façon permanente au nom de genre. La position de l’espèce type dans la phylogénie est par conséquent ce qui nous guide pour confirmer un arrangement taxonomique à partir d’un arbre phylogénétique.

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Fig. 2. Arbre phylogénétique de 19 polypores tramétoïdes, selon l’étude de Justo et Hibbett (2011)

La figure 2 illustre les rapports évolutifs entre 19 espèces tramétoïdes, y compris les 10 espèces types (type sp.) des genres que nous voulions analyser à partir des données sur l’ADN. Pour « lire » plus facilement un arbre phylogénétique, il suffit de commencer à l’une des extrémités de l’arbre (soit les noms d’espèce) et de suivre la « branche » (la ligne noire) jusqu’au « noeud » le plus proche (le cercle rouge). Par exemple, si l’on commence à l’extrémité supérieure qui représente la Tramète versicolore (Trametes versicolor) et que l’on suit la branche, on arrive au noeud qui relie T. versicolor et T. ectypa. Cela signifie que, selon notre échantillonnage actuel, les espèces T. versicolor et T. ectypa ont davantage en commun entre elles qu’avec toute autre espèce de l’arbre. Elles sont ce qu’on appelle des « espèces soeurs ». Chaque noeud de l’arbre représente l’ancêtre commun le plus récent pour toutes les espèces reliées par une branche à ce noeud.

Maintenant que nous avons établi la phylogénie des espèces, il est temps de décider à combien de noeuds nous allons donner un nom confirmé; en d’autres mots, en combien de genres nous allons organiser les polypores tramétoïdes. Plusieurs différents scénarios s’offrent à nous, mais nous allons limiter notre examen à trois d’entre eux, qui sont illustrés par les graphiques de la figure 3.

Cinq genres

Si l’on choisissait cette option, voici les cinq genres qui seraient acceptés :

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Fig. 3a. Scénario à 5 genres

Trametes – Les espèces incluses dans ce genre satisfont à la notion morphologique habituelle de Trametes, mais on voit que certaines espèces morphologiquement très similaires (p. ex. T. membranacea, T. cubensis) seraient exclues.

Lenzites – Ce genre comprendrait L. betulinus, une espèce cosmopolite à hyménophore lamellé, mais laisserait de côté d’autres espèces possédant aussi un hyménophore lamellé (par exemple, T. elegans). En outre, il faudrait étendre la notion morphologique associée à Lenzites afin d’y inclure les espèces à hyménophore poroïde (T. membranacea, T. pavonia), rendant de ce fait inutile la distinction habituelle entre Trametes (poroïde) et Lenzites (lamellé).

Coriolopsis – Ce genre ne comprendrait que l’espèce type, c’est-à-dire C. polyzona, différente morphologiquement de Trametes de par son contexte de couleur brune, car toutes les autres espèces classées habituellement dans le genre Coriolopsis (p. ex. C. gallica, C. trogii, C. caperata, etc.) ont été placées, suite à notre analyse moléculaire, dans d’autres groupes des Polyporales.

Artolenzites – Il faudrait tirer de l’oubli ce genre afin d’y placer T. elegans et les espèces tropicales T. maxima and T. meyenii. Sur le plan morphologique, il n’existe aucun caractère commun à ces trois espèces qui les distingue des autres espèces tramétoïodes.

Pycnoporus – Toutes les espèces présentant des couleurs rouge vif (P. cinnabarinus, P. sanguineus et autres espèces) trouveraient place dans ce genre, mais il faudrait également y placer T. cubensis dont le chapeau est gris-brun.

Lors de l’étude de l’option des cinq genres, il a été constaté qu’un des problèmes importants qu’elle comportait était qu’elle rendait presque impossible la distinction entre les cinq genres à partir des caractères morphologiques. Ainsi, les espèces à hyménophore lamellé seraient classées dans les genres Lenzites et Artolenzites, mais ces derniers devraient également inclure des espèces à hyménophore poroïde. Comme ce problème provenait du fait que nous avions trop élargi la notion morphologique de certains genres, nous avons décidé de choisir une option allant dans une tout autre direction.

Dix genres

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Fig. 3b. Scénario à 10 genres.

Dans cette option, nous avons limité les genres Lenzites et Pycnoporus pour qu’ils incluent seulement L. betulinus, dans le premier cas, et P. cinnabarinus, P. sanguineus et d’autres espèces de couleur rouge, dans le second cas. De cette façon, la notion morphologique de ces genres les plus communément utilisés est demeurée la même. Cela a toutefois engendré un autre problème : que faire de toutes les espèces n’appartenant à aucun genre ?

Dans certains cas, des noms de genre sont disponibles. Ainsi, Trametes cubensis peut redevenir Cubamyces cubensis, et Trametes gibbosa peut reprendre le nom de Pseudotrametes gibbosa. Pour d’autres espèces (p. ex. T. maxima, T. membranacea), il faudrait créer de nouveaux noms de genre.

Partant de notre échantillonnage, nous arrivons à un total de 10 genres tramétoïdes, et on peut supposer que d’autres genres s’ajouteraient à mesure que d’autres espèces seraient soumises à une analyse moléculaire. La distinction morphologique de tous ces genres serait très difficile et, dans certains cas, tout simplement impossible.

Ni l’option des cinq genres ni celle des dix genres ne nous ayant réellement satisfaits, nous avons envisagé une troisième option.

Un seul genre

Et si, au lieu de subdiviser les polypores tramétoïdes en de plus petites sections, nous prenions en considération le fait que, de façon générale, ils forment un groupe assez bien défini auquel nous attribuerions un nom de genre unique, soit Trametes. Il serait encore possible de se servir de toutes les différences sur le plan des types d’hyménophore, de la couleur du contexte, ou de la présence ou l’absence de certaines structures microscopiques pour distinguer les espèces les unes des autres, mais ces différences ne contribueraient plus à définir les genres.

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Fig. 3c. Scénario à 1 genre.

C’est une solution simple et pratique, mais qui comporte un inconvénient : accepter de voir disparaître des noms qui nous sont familiers. Pycnoporus cinnabarinus deviendrait Trametes cinnabarina, et Lenzites betulinus deviendrait Trametes betulina.

Même en tenant compte des changements que cette option suppose, nous sommes convaincus que, une fois tous les morceaux du casse-tête assemblés (morphologie, biogéographie, écologie, phylogénie moléculaire, nomenclature et usage des noms), l’utilisation d’un nom de genre unique (Trametes) pour toutes ces espèces s’avérera la solution la plus pratique.

Remerciement

Merci à Raymond Archambault, Michèle Ledecq et Alfredo Justo pour la permission de reproduire cet article sur le blogue de Mycoquébec et à Gwanaël Cartier pour nous avoir généreusement permis d’utiliser sa photo pour la Une.

 

Références

  • Bernicchia, A. (2005). Polyporaceae s.l. Fungi Europaei 10. Alassio, Italie : Candusso.
  • Gilbertson, R. L. et Ryvarden, L. (1986). North American Polypores. Vol. 1. Synopsis Fungorum Special Volume. Oslo : Fungiflora.
  • Gilbertson, R. L. et Ryvarden, L. (1987). North American Polypores. Vol. 2. Synopsis Fungorum Special Volume. Oslo : Fungiflora.
  • Justo, A. et Hibbett, D. S. (2011). Phylogenetic classification of Trametes (Basidiomycota, Polyporales) based on a five-marker dataset. Taxon, 60, 1567–1583.
  • Justo, A. et Hibbett, D. S. (2014). Trametes. Récupéré de http://wordpress.clarku.edu/polypeet/projects/trametes/.
  • Ryvarden, L. (1991). Genera of polypores: nomenclature and taxonomy. Synopsis Fungorum, Vol. 5. Oslo : Fungiflora.
  • Welti, S., Moreau, P. A., Favel, A., et al. (2012). Molecular phylogeny of Trametes and related genera, and de-scription of a new genus Leiotrametes. Fungal Diversity, 55, 47–64.
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2 Responses

  1. J’aime ça beaucoup. Laisser tomber l’approche morphologique est selon moi l’idéal puisque cela pourrait compliquer l’arbre encore plus que 10 genres car les séquences ne sont pas encore terminées selon ce que je comprends. La simplicité a bien meilleur goût.

  2. […] résultats de l’étude phylogénétique de Justo et Hibbett (1) résumé par Justo dans un article publié récemment sur ce blogue, nous oblige à réorganiser la classification des tramètes du Québec. Des différentes options […]

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